La biblioteca dell'Istituto Italiano per gli Studi Storici, ha sede in Palazzo Filomarino, in via Benedetto Croce. Nata per i borsisti, la biblioteca svolge anche una funzione di sostegno alle altre biblioteche meridionali, ammettendo due giorni alla settimana il pubblico esterno. Conta attualmente 110 mila volumi, con 400 periodici correnti e un accrescimento annuo di circa 2000 volumi. Metà circa dei volumi appartengono a fondi chiusi, frutto di donazioni: la restante metà è il risultato di una accorta politica di acquisizioni. Per meglio assolvere alla sua funzione di sostegno alla ricerca, la Biblioteca si è venuta strutturando nel tempo in tre sezioni principali: Consultazione e fonti, Studi, Periodici.
Le aree tematiche: Storia Antichità greca e romana; Mondo bizantino; Civiltà medievali del mediterraneo; Storia moderna europea; Rivoluzione francese; Fascismo e antifascismo.
Filosofia: Classici antichi e moderni; Aristotelismo medievale; Machiavelli e il pensiero politico moderno; Croce e l'idealismo italiano.
Letteratura: Letteratura italiana; Dante; Letteratura del 400 e 500.
Religione: Biblica; Patristica; Spiritualità medievale; Riforma controriforma.
Storia della storiografia: Profili di storici; Bibliografie; Teoria della storia.